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Responsabile Daniele Sblattero
Settore di ricerca Biologia Applicata
Personale docente Claudio Santoro  Diego Cotella 
Personale non-docente Cecilia Deantonio  Frank Antony  Eleonora Rizzato               
Obiettivi della ricerca 1) Identification of novel tumor-associated antigens (TAAs) in ovarian cancer
Risultati ottenuti 1) BACKGROUND - Ovarian carcinoma represents one of the most insidious and aggressive cancers among women. The high mortality rate is a consequence of the minimal and non specific symptoms until the advanced stage. The presence of humoral response to TAAs (Tumor-Associated Antigens) has been well demonstrated in patients with various cancers. One promising approach in this field is to study the immune responses to ovarian cancer and identify highly specific and sensitive tumor-associated antigens (TAAs) for early diagnosis and prognosis.
AIM – Identification of novel tumor-associated antigens in ovarian cancer and to validate their potential as biomarker by analysing their response to antibody isolated form different stages of ovarian cancer.
METHODS – To identify novel putative TAAs we used a high-throughput approach that combines ORF (Open Reading Frame) cDNA phage display library selection with the ascitic fluid from primary ovarian cancer patients and proteins microarray. Selected clones were expressed as GST-fusion proteins and screened by protein microarray analysis. The most reactive clones were sequenced and used for ELISA screening on ascitic fluids from 57 ovarian cancer patients and 12 controls.
RESULTS – BCL-6 corepressor (BCOR) and the Cyclic AMP-responsive element-binding protein 3 (CREB3) were identified as two novel putative TAAs able to differentiate cancerous from non cancerous test samples with a combined sensitivity of 67%.
CONCLUSION AND FUTURE DIRECTIONS - Two novel putative biomarkers in ovarian cancer were identified. Our future work will include 1) identification of more TAA; 2) validation on a larger number of samples (including different cancers and different stages) and controls; 3) investigation of the possible role of the identified TAA in cancer biology.  
Obiettivi della ricerca 2) Ruolo patofisiologico delle Dipeptidyl aminopeptidase-like proteins
Risultati ottenuti 2) La ricerca in questo ambito ha come scopo la delucidazione del ruolo patofisiologico delle dipeptidyl aminopeptidase-like proteins e viene svolta con due approcci principali:

a- Sviluppo di reagenti specifici per lo studio funzionale, in particolare anticorpi monoclonali ricombinanti e vettori shRNA, per un loro utilizzo in tecniche di ricerca di base e nella diagnostica (Western Blotting, test ELISA, immunoistochimica e citofluorimetria). Un aspetto innovativo del progetto è che la selezione degli anticorpi viene effettuata mediante l’Antibody Phage Display, una tecnica consolidata nel laboratorio di Biologia Applicata.
b- Studio della relazione tra struttura e funzione di DPP6 e DPP10. In particolare, la ricerca studia il traffico intracellulare della proteina DPP10. Mediante spettrometria di massa e mutagenesi sito-specifica abbiamo identificato i siti di N-glicosilazione e studiato il loro ruolo nel traffico intracellulare di DPP10. Abbiamo dimostrato l’importanza della glicosilazione in posizione N257 , fondamentale per il traffico di DPP10, in assenza della quale DPP10 non e’ in grado di raggiungere la membrana plasmatica e modulare l’attivita’ del canale Kv4.3 
Obiettivi della ricerca 3) Ossidazione dei canali del potassio da parte di specie reattive dell’ossigeno (ROS) nel morbo di Alzheimer
Risultati ottenuti 3)  Diverse patologie neurodegenerative, tra cui il morbo di Alzheimer (AD), sono caratterizzati da elevato stress ossidativo che porta ad una ossidazione massiva delle proteine . Obiettivo di questa linea di ricerca e’ determinare se i canali del potassio voltaggio-dipendenti (Kv) costituiscono un bersaglio delle specie reattive dell`ossigeno (ROS) in AD e, in caso affermativo, se la loro ossidazione contribuisce alla neurotossicità. In un modello di cellule in coltura abbiamo dimostrato che il canale Kv2.1 (un importante determinante della eccitabilità neuronale, particolarmente espresso nell`ippocampo) dà luogo a oligomerizzazione in seguito al trattamento con agenti ossidanti, come risultato della ossidazione di due cisteine e conseguente formazione di ponti disolfuro intra-catena. In un modello di topo transgenico di Alzheimer abbiamo osservato che il canale Kv2.1 presenta un pattern simile di oligomerizzazione che diventa più evidente con il progredire dell’età dell’animale. Un mutante di Kv2.1 resistente all`ossidazione, ottenuto mutando una cisteina conservata ad alanina (C73A) protegge le cellule neuronali da apoptosi indotta da insulti ossidativi o in seguito a esposizione al peptide beta-amiloide (AB 1-42). In un modello di C. elegans che riproduce alcuni aspetti di AD abbiamo osservato che la mutazione omologa a C73A-Kv2.1 protegge i neuroni da apoptosi indotta da espressione del peptide beta-amiloide. Insieme, questi dati indicano che l`ossidazione del canale del potassio Kv2.1 è aggravata in AD e contribuisce alla neurotossicità 
Collaborazioni in atto  - Prof. R. Marzari, Dipartimento di Scienze della vita, Università di Trieste:
- Prof A. Ventura, Dipartimento di Scienze della Riproduzione e delo sviluppo -IRCCS Burlo Garofolo, Trieste
- Dr. Andrew Bradbury, Bioscience Division, Laboratory of Molecular Diversity, Los Alamos, USA,

 
Comunicazioni a congressi Cotella D, Hernandez B, Wu X, Li R, Pan Z, Oddo S, Sesti F
OXIDATION OF POTASSIUM CHANNELS BY ROS IN ALZHEIMER’S DISEASE
XIII congresso nazionale della Societa’ Italiana di Biologia e Genetica (AIBG), Padova 30 settembre -1 ottobre 2011

Cotella D, Sesti F
DYNAMIC PHOSPHORYLATION/DEPHOSPHORYLATION OF A VOLTAGE-GATED K+ CHANNEL CONTROLS NON- ASSOCIATIVE LEARNING
Biophysical J, vol. 100, issue 3, pp. 99a-99a (536-Pos B336)
Biophysical Society Meeting, Baltimore (MD, USA), 5-9 marzo 2011

Radicke S, Cotella D, Schaefer M
INFLUENCE OF THE BETA-SUBUNIT DPP10 ON KV4 CHANNELS IN DORSAL ROOT GANGLION NEURONS
Naunyn-Schmiedebergs Arch. Pharmacol. Volume: 383 Supplement: 1 Page: 69
Deutsche Gesellschaft für Experimentelle und Klinische Pharmakologie und Toxikologie e. V., Mainz (Germany), 30 marzo – 1 aprile 2011

Hernandez-Enriquez B, Cotella D, Wu X, Li R, Pan Z, Oddo S, Sesti F
Oxidation of K+ channels contribute to neuropathy in Alzheimer`s disease
Program No 880.18 2011 Neuroscience Meeting Planner.
Meeting of the Society for Neuroscience, Washington DC (USA), 12-16 Novembre 2011
 
Pubblicazioni
Cryptic genetic gluten intolerance revealed by intestinal antitransglutaminase antibodies and response to gluten-free diet.
Filtering "genic" open reading frames from genomic DNA samples for advanced annotation.